L'histoire de la construction de l’église, avec les différentes campagnes qu'elle comporte, est fort complexe. Pour partie roman, pour partie XVe siècle, l'édifice offre des traces de multiples remaniements : "monument clef pour comprendre l'architecture".

Première campagne (Xle siècle)
On ignore tout de l'église donnée en 915/920 à Cluny par Aimard.
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En revanche, il est probable qu’après la mort de
Saint Mayeul (en 994), Saint Odilon ait fait construire comme première église de pèlerinage, une grande nef charpentée très vite transformée pour être voûtée. La nef unique est subdivisée en trois vaisseaux. Cette campagne de voûtement fut accompagnée de l'édification d'une nouvelle façade occidentale qui comprenait deux tours encadrant une chapelle haute, située au-dessus de l'entrée de l’église et dédiée à Saint Michel. Un peu plus tard, un narthex, la galilée, fut construit pour permettre l'accueil des pèlerins de plus en plus nombreux. En 1063, Saint Hugues, Vle abbé de Cluny, profita du passage à Souvigny du légat pontifical Pierre Damien, pour lui demander de procéder à la translation du corps d'Odilon. À cette occasion, l’église fut officiellement consacrée.

Deuxième campagne (XII - Xllle siècles)
Ainsi remaniée, l’église du Xle siècle devait encore subir pendant près d'un siècle des agrandissements qui reflètent l'essor croissant du prieuré. À l’édifice existant furent ajoutés deux bas-côtés, créant ainsi un édifice à cinq nefs. Le choeur repoussé plus à l'Est, permet I'adjonction d'un deuxième transept conformément au plan de Cluny III, entouré d'un nouveau déambulatoire doté de cinq chapelles rayonnantes. À la fin du XIIe siècle et au début du XIIIe siècle, deux flèches couronnèrent les tours occidentales et le grand transept fut coiffé d'une tour de croisée.
En 1376, Louis II fait ériger sa chapelle funéraire dans l'aile Sud du second transept
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Troisième campagne (XVe siècle)
Des 1432, Dom Geoffroy Chollet, moine du Mont Saint-Michel nommé prieur de Souvigny de 1424 a 1454, s'attache à restaurer l’église romane qui était dans un lamentable état et le
cloître. Des marchés de travaux sont passés avec les architectes du duc de Bourbon, Maignon puis Poncelet, pour la reprise du choeur, de la voûte centrale, du bas-côté sud et de la façade occidentale. À la fin du XVe s., les ducs de Bourbon font élever une seconde chapelle funéraire En savoir plus... avec l'intervention de grands imagiers de l'époque ; on procède alors à une seconde translation des corps des saints abbés de Cluny dans l'Armoire aux Reliques, exemple rare de ce type de meuble-reliquaire en France. À cette époque, de grandes écoles de sculptures travaillent à Souvigny : on doit à l'un des élèves de Jacques Morel une Sainte Marie Madeleine considérée comme l'une des pièces maîtresses de l'art flamboyant en France (1er moitié du XVe s.), puis à Michel Colomb un groupe à l'Enfant et une mise au tombeau. Ce fut la restauration gothique telle que nous la voyons aujourd'hui : un édifice religieux remarquable, de 89 mètres de long, 5 nefs, 6 travées, 28 mètres de large et une voûte aux nervures ouvragées, à 18 mètres de hauteur.

Autres mobiliers :
Le retable de l'Immaculée Conception.
Le chapiteau des monnayeurs.
Statuaire : groupe à l'Enfant
Statuaire : Sainte Marie Madeleine
Fouilles archéologiques : 2002 - 2007
Le cloître.
Le renouveau du prieuré (XVIIe-XVIIIe siècles)
Outre le prieuré classique, érigé au XVIIe s. et son imposant portail construit le siècle suivant, l'église possède une magnifique sacristie utilisée en tant que salle de réunion pendant la Révolution. L’architecture et le décor baroques de la sacristie diffèrent considérablement du reste de l’édifice. La construction d’une nouvelle sacristie (1773-1775) est décidée dans la dernière vague de travaux qui affecte les monastères clunisiens peu avant la révolution.
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Dernière adjonction faite à l'église, l’orgue de François-Henri Clicquot facteur du Roy Louis XVI, est érigé sur la tribune occidentale. Il prête sa voix à l’église de Souvigny et contribue à l’éclat des cérémonies. Il est, avec son grand frère de la cathédrale de Poitiers (1790), le seul témoin intégralement conservé du grand facteur, lui-même fils et petit-fils de facteurs d’orgues.
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L'époque moderne
À la fin du XIXe siècle, sous l’égide de dom Mayeul Lamey, eut lieu une tentative de relèvement du monastère qui dura environ dix ans. Ces moines cherchaient, en outre, à réconcilier science et foi. Pressentant les expulsions de 1905, la communauté gagna Aoste en Italie où elle s’éteignit. En 1990des frères de la Communauté Saint-Jean arrivent à Souvigny pour redonner à la prieurale sa vocation première.
Classement de l'église prieurale
L'église fut classé monument historique sur la liste de 1840, le prieuré le 17 juillet 1926, le 17 mars 1939 et le 5 juin 1967.
En 1993, l'ancienne capitale du bourbonnais est élue "Grand site régional d'Auvergne" pour bénéficier d'une mise en valeur de sa richesse architecturale. En 2001, une campagne de fouille a débutée, conjointement avec les travaux de restauration des nefs de l'église En savoir plus... : en 2003 l'édifice est en effet désigné "Grand sanctuaire roman d'Auvergne" afin d'entreprendre sa restauration. Un programme proposera les samedi 9 et dimanche 10 mai 2009, à l'occasion de l'inauguration de la première tranche de travaux et la restitution des gisants : célébration officielles et religieuses, visites, concerts et conférences.En savoir plus...

La visite de l'église prieurale (au départ du musée) a lieu toute l'année, aux horaires d'ouverture du musée hors célébrations religieuses.


Façade gothique de l'église prieurale.


Vue d'ensemble de l'église prieurale.